洗豆子做纳豆要选择当年的新大豆，颗粒饱满的小粒豆子最好，去掉草秆、豆荚、泥土、沙石等等杂物。用清水洗两遍。
洗干净的豆子要用干净水泡15-20小时，冬天气温低一般要泡20小时左右，以豆子表皮泡光滑为准，注意中间要换两次水。夏天室温高于30度时，最好将泡豆子的容器放入冰箱，防止豆子发酸。泡好的豆子要清洗干净，水变清澈为度，挑拣出铁豆子，虫咬的豆子，半颗的豆子，有黑点的豆子，只留下颗颗完整的豆子。每次挑选豆子是制作纳豆最费时间的环节，我每次制作8斤纳豆，拣豆子需要2-3小时，工厂批量生产是不可能挑这么干净的，尤其是铁豆子，没泡水前和正常豆子一模一样，但它哪怕泡2天也是坚硬的。
蒸豆子要用带篦子的高压锅，豆子底部不能积水。豆子必须沥干水。用高压锅蒸豆子，大火加热到上汽后转小火30～40分钟。如果用普通蒸锅蒸豆子，至少要蒸1.5个小时，豆子要蒸到用手轻轻一捏就扁的程度才可以。蒸好的豆子可以尝一尝，如果是发甜清香好吃的豆子，做的纳豆也会好吃，如果豆子不好吃，那发酵后的纳豆也会不好吃。
在蒸豆子的过程中，要做好准备工作：消毒纳豆发酵箱，纳豆盒，用消毒过的小碗倒少量开水，晾3分钟左右加入高桥纳豆菌粉末，将纳豆菌溶解。豆子蒸好后，等高压锅自然泄压，锅盖能打开时，揭开锅盖后快速将蒸好的豆子移到消过毒的盆中，立刻洒入菌液，快速拌匀，分装到发酵盒中，盖好纱布，放入发酵箱。整个过程要迅速，尽量减少豆子接触空气的时间，蒸熟的豆子营养丰富极易被杂菌污染。
要制作高品质纳豆，纳豆发酵箱非常重要，既要保温好，温度恒定，又要有一定的透气性，小渔自制了恒温纳豆发酵箱。拌好菌种的豆子放入发酵箱后，打开电源，将温度设置为40度，发酵20小时即可。发酵中途不能打开发酵箱查看，以防温度骤降，引起发酵异常。一切交给时间，请静静的等待。
纳豆发酵结束后，先关掉电源，等待2个小时后，纳豆自然降温后才可以打开发酵箱。将纳豆分装到消毒过的密封容器中，入冰箱冷藏室（2-5度）后熟12小时就可以食用了。刚发酵好的纳豆有浓烈的纳豆香气，是一种很好闻的味道，如果纳豆的味道怪异，有可能是发酵的环节感染了杂菌。纳豆有丝并不是发酵成功的标志，纳豆的气味也是重要的指标。经过12小时的低温后熟，纳豆味道就比较柔和了，口感也更好了。发酵后未冷冻的纳豆，3天之内是最好吃的时候。如果要长期保存，必须冷冻起来。
纳豆必须低温保存，时间不超过一星期。如果要长期保存可以冷冻起来，冷冻可以保存6个月，吃的时候自然解冻就可以了。
